蟲害對食品企業的威脅是日常不可避免的，在IS022000食品安全管理體系和GB/T27341 HACCP體系中都明確提出了對蟲害控制的要求。如果顧客購買到受到蟲害污染或者含有蟲害的食品，輕則引起企業的聲譽受到影響，重則因蟲害問題帶來污染從而引起食品安全事故，給企業帶來嚴重打擊。
有害生物：泛指一切可以導致人類健康、經濟、精神傷害的生物；在食品生產企業中主要指四害，因為這四種生物容易傳播蟲媒疾病。例如：蒼蠅、老鼠、蟑螂、蚊子。
在食品生產企業中進行蟲害控制，可以通過以下方面進行：
一、進行蟲害風險識別管理
基于SSOP（HACCP體系）或操作性前提方案（ISO22000食品安全管理體系）、管理過程改善、供應商管理等方法，對蟲害孳生、入侵的風險進行控制，進行蟲害預防并整合到企業日常管理中的理念。
應根據食品生產企業的生產和管理特點來考慮（如：食品加工或暴露區域的蟲害接受水平、企業所在的周邊環境等）。
1.分析蟲害的主要風險來源：
外圍：外圍蟲害的密度（如：養殖場附近）
吸收因素：如-蟲的趨光性、垃圾的管理
建筑措施：如-門窗缺陷、管理不當、基礎設施破損
室內環境：如-存在死角、清潔方式不對和不徹底
原輔料供應：如-原材料中帶來蟲害（鼠疫）
2.評估蟲害需要的控制水平，根據食品企業生產的產品的預期用途帶來的風險情況確定可接受水平。如：農副產品的控制度可以低于直接入口食品的控制.
二、進行蟲害趨勢分析
趨勢分析是蟲害管理的核心內容之一，對特定空間和（或）特定時間內的特定的蟲害風險現狀及變化趨勢進行可量化的評估，并提供進一步追蹤溯源的提示信息，從根本上控制和消除蟲害風險。
1.保證監測的有效性：根據企業生產營運情況、企業現場外圍、室內結構（尤其是不同功能分區間是否存在害蟲通過的結構的漏洞）、人流、物流、氣流、生產廢料的處理、原輔材料（尤其關注供應商產品是否攜帶）、包裝材料、日常清潔管理程序、門窗關閉、設備布局、收集時間、收集位置等情況進行全面有效的監測。
2.趨勢評估分析人員將真實有效的監測數據進行妥善保存，部門之間和人員之間進行充分溝通，建立由采購、物流、生產、行政、品控、管理層和員工的風險趨勢控制系統。
3.根據收集的監測數據，尋找薄弱環節、蟲害入侵和孳生風險高的方面等，從而確定相應的應對措施。
三、蟲害的防治
根據對蟲害的風險管理和蟲害趨勢分析，確定需要控制的蟲害的方面，確定相應的控制措施，進行綜合蟲害管理。
綜合蟲害管理：是指運用一切可行的手段（含化學方法），把蟲害控制在可接受水平之內。
蟲害防治主要包括：消除孳生場所、防止蟲害進入、殺滅蟲害等。
1.消除孳生場所：主要通過對廠區植被的維護和修剪、清理廢棄物和垃圾，保持廠區干凈整潔，垃圾存放和處理場所防護良好，垃圾桶帶蓋；倉庫、車間、辦公、食堂等場所清理死角，保持清潔衛生。
2.防止蟲害進入：主要通過物理的方式，如：暗光回廊、擋鼠板、地漏防護網、通風口防護網、紗窗、超聲波驅鼠器等。
3.殺滅蟲害
在國際比較流行綠色管理的概念，綠色管理概念并不是不用殺蟲劑，只是對殺蟲劑的應用更嚴格。更強調對點的處理，減少空間處理和大面積滯留噴灑和風險較高的方式。
殺滅蟲害主要有：化學方法和物理方法
a）化學方法：毒餌、噴灑、熏蒸等方式。
無論化學殺蟲劑多么低毒甚至微毒，都不能直接用在食品表面和食品接觸面。嚴禁在食品制作和用餐區域使用。
化學殺蟲劑至少具備:公共衛生類殺蟲劑登記證、標簽、MSDS（化學品安全說明書）等，化學藥品使用必須符合政府的規定，由專人指導殺蟲工作，確保化學殺蟲劑經過專業培訓人員使用或在其指導下使用，噴灑殺蟲劑時操作人員必須按要求佩戴防護服裝。
熏蒸一般用于糧食加工企業，必須由專門的有資質的熏蒸公司做，一般公司無此執照；在有效成分上應避免使用敵敵畏等有機磷殺蟲劑，有機磷殺蟲劑經過熏蒸容易傷人。
b）物理方法：殺蟲燈、粘蠅板、捕鼠籠、捕鼠點、粘鼠板等。殺蟲燈的放置位置：蒼蠅喜歡在繩索上，一般的停靠高度0.6-3米。
另外可以聘請專業蟲害防治公司進行定期的蟲害殺滅和防治工作。
食品生產企業根據綜合蟲害管理和防治的理念，繪制蟲害防治設施分布圖，建立監控記錄，對蟲害控制進行綜合管理。食品生產企業蟲害控制管理是一個動態的循環管理過程。
